奉行一职首次出现在平安时代,当时是担任司掌宫廷仪式的临时职役,镰仓幕府成立以后逐渐成为掌理政务的常设职位。丰臣秀吉当权时,其下设有多种奉行,负责佐理政务,其中有5位奉行特别重要,相当于丰臣秀吉的特任政务官,一般合称五奉行。
江户幕府成立后,奉行成为构成官僚体系的主力职位,上至幕府,下至各地方的大小藩主,都依各种政务需要设置许多奉行职位。江户幕府常设以下四类奉行:寺社奉行、勘定奉行、町奉行、远国奉行
其中各奉行的办公处所一般通称为“奉行所”,相当于中国的衙门。
此外,受到日本文化影响,琉球第二尚氏王朝亦设有奉行的职务,如御物奉行、山奉行等。