犹太人被掳巴比伦回归以后，完成希伯来文旧约（主前15世纪-主前5世纪中叶）
大约主前15世纪，神在西奈山拣选以色列人成为「祭司的国度」。从主前15世纪的摩西五经，到主前5世纪的玛拉基书，圣灵用了大约一千年时间，默示不同的作者写成了旧约。从主前5世纪中叶到基督降生的四百多年，神不再默示圣经，而被掳回归的犹太人在这期间又增加了许多口传律法，逐渐形成了犹太教（Judaism）。
犹太教正式确定希伯来圣经正典（主后90年）
犹太教只接受旧约圣经，不相信主耶稣就是旧约中预言的弥赛亚基督，所以也不接受新约圣经。犹太教的旧约圣经是《塔纳赫 Tanakh》，被基督徒称为希伯来圣经，一共24卷，包括三部分：《妥拉 Torah》（依次是：创世纪、出埃及记、利未记、民数记、申命记）、《先知书 Navim》（依次是：约书亚记、士师记、撒母耳记上下、列王纪上下、以赛亚书、耶利米书、以西结书、十二先知书）、《圣卷 Ketuvim》（依次是：诗篇、箴言、约伯记、雅歌、路得记、耶利米哀歌,、传道书、以斯帖记、但以理书、以斯拉记-尼希米记、历代志上下）。
在主耶稣的时代，《塔纳赫》正典已经完成，并被犹太文士们翻译为希腊文的《七十士译本 Septuagint》和亚兰语意译本《他尔根 Targum》。以赛亚书七14的「必有童女怀孕生子」，《七十士译本》译成 「处女」，但希伯来原文也可以解释为「少女」。由于基督徒常常使用《七十士译本》去证明耶稣就是基督，所以犹太教领袖对《七十士译本》非常不满。主后90年，犹太教拉比们在以色列Jamnia举行会议，正式确立希伯来文《塔纳赫》为正典，拒绝《七十士译本》，要排除一切有利教会的书卷。
犹太教仅次于旧约圣经的经典是《塔木德 Talmud》，包括三部分：《密西拿 Mishnah》（即口传律法）、《革马拉 Gemara》（即口传律法注释）、《米德拉什 Midrash》（即旧约圣经注释，分为《哈拉哈 Halachah》和《哈加达 Haggadah》两部分）。
使徒时代，完成希腊文新约圣经（主后31-100年）
教会从主耶稣升天后的五旬节开始（约主后31年），耶路撒冷的教会有几万犹太人，他们都从犹太教出来，从小熟悉旧约圣经，并领受使徒们的口头教训。耶路撒冷的犹太教当局拒绝承认耶稣就是旧约预言的弥赛亚基督，开始迫害教会。神藉着犹太基督徒四散逃亡，把福音传到了犹太、撒玛利亚、小亚细亚、美索不达米亚、埃及、希腊、罗马等地，大批外邦人信主。
罗马帝国最初对教会采取宽容政策，但由于基督徒拒绝敬拜罗马皇帝，主后64年罗马皇帝尼禄首次兴起逼迫，教会开始受到犹太教和罗马帝国的周期性迫害，一直到主后313年君士坦丁皇帝颁布米兰敕令才基本停止。逼迫反而使教会更蒙神保守，信仰更加纯净，教会很快遍及罗马帝国。当时希腊文是罗马帝国通行的文字，各地的基督徒都阅读《七十士译本》希腊文旧约圣经，并领受使徒们用希腊文书信方式传讲的主耶稣的教训，新约圣经的所有书卷都在这一时期写成。
教父时代，教会持守圣经信仰，按地域分为东方希腊语教会、西方拉丁语教会和波斯叙利亚语教会（主后100-313年）
使徒们陆续去世后，他们的外邦人门徒继续带领教会，教会领袖逐渐由犹太人变成外邦人，被称为教父、监督或主教。教会已遍及罗马帝国和波斯萨珊帝国，向东到达格鲁吉亚和阿富汗，信徒中的外邦人逐渐占多数，罗马帝国境内分为以弗所教会为首的小亚细亚东方希腊语教会和以罗马教会为首的西方拉丁语教会，波斯帝国境内有说叙利亚语的波斯教会。受逼迫的各地教会并没有机会集中商议，但因着圣灵的感动和印证，主后130年，四福音书及保罗书信已经被大部分教会不约而同地接纳为正典，之后大部分其他新约书卷也逐渐都被众教会接纳为正典。主后397年的迦太基会议归纳了众教会的共识，正式确认27卷新约正典。这期间，教会用使徒信经来总结他们的基本信条。
教会在罗马帝国合法化，却在圣经原则上妥协（主后313年）
主后311年，罗马帝国停止迫害基督徒。主后313年，罗马帝国皇帝君士坦丁颁布米兰敕令，教会在罗马帝国获得合法地位。君士坦丁给了教会自由和许多好处，兴建宏伟的教堂，定星期天为圣日，圣职人员得到大量津贴，可以免于某些公民义务。甚至罗马军队也用十字架取代了老鹰的徽号，以战争来宣教。
但教会却为此付出了放弃圣经原则的代价。首先，皇帝开始干涉教会事务，教会与政府关系密切，在此后一千多年里带出许多问题、纷争，以致流血。其次，由于基督徒之名可以带来许多属世的好处，变成在政治、军事、社会界获得升迁的捷径，成千上万的异教徒涌进了教会，成为挂名的信徒。教会逐渐与世俗妥协，接纳了许多异教思想和做法，比如把敬拜太阳神的节日改为圣诞节，把鬼节改成万圣节等等。异教的许多仪式和迷信都移花接木地出现在教会里，信徒们开始敬拜殉道者、圣徒和马利亚，迷信十字架碎片、圣图和殉道者的遗物，到处是基督和马利亚的画像，修道主义盛行，教会被世俗的潮流所吞噬。
教会在罗马帝国的合法化，也给波斯萨珊帝国境内的教会带来了更大的逼迫。君士坦丁皇帝以全世界基督徒的保护者自居，受到威胁的波斯帝国就把境内的基督徒当作罗马帝国的奸细镇压了40年之久。
主后337年君士坦丁去世，之后40多年里罗马帝国皇位频繁更替，因着皇帝的信仰倾向，教会有时被善待，有时也遭逼迫。
第一、二次大公会议和亚流派的分离，亚流派向北方蛮族宣教，使西方教会在蛮族入侵时免遭灭亡（主后325-381年）
主后325年，在君士坦丁的主持下，罗马帝国境内众教会的代表300年来首次共聚一堂，在尼西亚召开第一次大公会议，讨论教会的信条。受希腊化思想影响的亚历山大长老亚流（又译阿里乌）认为基督是神与人之间的半神，部分东方教会也持亚流派观点。君士坦丁最初接受三位一体的观点，流放了亚流，晚年却接受了亚流派的观点，流放了主张三位一体的亚历山大主教亚那修斯。继任的罗马皇帝有的相信三位一体，有的相信亚流派观点。
主后341年，相信亚流派观点的东方君士坦丁堡教会差派乌尔菲拉回到故乡西哥特宣教近50年，发明了哥特文字，把圣经译为哥特文，带领日耳曼人信主。神使用异端向蛮族宣教，使西方教会在主后410年蛮族入侵西罗马帝国时得以保全。
主后381年在君士坦丁堡召开的第二次大公会议上，修订《尼西亚信经》，承认圣灵的神性，确定三位一体为正统信仰。
罗马帝国政治中心东移，使西方罗马主教的影响力逐渐增加（主后330年）
主后292年，罗马皇帝戴克里先将庞大的罗马帝国分为东西两半，由四帝共治。君士坦丁经内战恢复一统后，于主后330年在东方建立新都君士坦丁堡，罗马帝国政治中心东移。罗马失去了政治重要性后，罗马主教逐渐增加了在世俗和属灵事物上的影响力。
基督教成为罗马帝国国教，信仰掺入许多不合圣经的内容（主后380年）
主后380年，罗马帝国颁布帖撒罗尼迦敕令，宣布三位一体的教会为正统，成为罗马帝国国教。基督教成为罗马帝国国教以后，教区的划分与帝国的行政区域相同，主教设于主要城市，负责监督本教区。其中罗马、君士坦丁堡、耶路撒冷、安提阿和亚历山大五个主教具有领导地位。
国教化使教会依附于政权，与政治妥协和联合，开启了宗教迫害之门。主后384年，西班牙阿维勒主教被判为异端斩首，死后却得以平反，这是教会首次公开迫害信徒，之后教会对信徒、异端及异教徒的逼迫不绝于史。奥古斯丁根据路十四23「勉强人进来」，极力赞成逼迫的行为，助长了中世纪及改教时期的宗教迫害。
教会在罗马帝国的国教化，引起波斯帝国的猜疑，波斯王再次逼迫波斯教会，甚至引起两大帝国之间的关系紧张。
到第5世纪末，国教化的教会里出现以下不合圣经的教义和活动：为死人祷告；相信炼狱；四十天大斋期；认为圣餐是必须由祭司主持的献祭；圣品阶级及平信徒阶级分明；敬拜殉道者及圣徒，尤其是敬拜马利亚；烧香烛向圣徒致敬；崇拜殉道者及圣徒遗物；迷信遗物有奇异能力；在教会中设置图片、偶像、祭坛；圣职人员穿着华丽的法衣；崇拜仪式日趋繁复华丽；讲道越来越少；圣地朝拜；修道主义；世俗化；逼迫异端及异教徒。
罗马帝国分裂，西方教会使用拉丁文圣经，东方教会使用希腊文圣经（主后395年）
拉丁文是罗马帝国的官方语言，而希腊文是帝国的最主要通用语言之一，尤其在帝国东部。而在西方的罗马城，希腊文也是教育用语和上流社会的语言。4世纪时希腊文在帝国西部逐渐失势，拉丁文占了上风。主后382年，罗马教会请圣经学者耶柔米把旧约和新约翻译成拉丁文，主后405年完成武加大（通俗）拉丁文译本，罗马教会改用拉丁文礼拜。
主后395年，罗马帝国正式分裂为东罗马帝国和西罗马帝国，各自为政。西罗马帝国逐渐开始排斥说希腊文的人，东西罗马帝国在文化上逐渐分裂。教会也因此分成以君士坦丁教会为中心的东方希腊语教会、以罗马教会为中心的西方拉丁语教会，双方各自以希腊文与拉丁文研究信仰问题，逐渐忽略了双方的交流。
波斯教会接受第一、二次大公会议的信经和准则（主后410-430年）
主后399年，罗马皇帝遣使请波斯王不要逼迫基督徒，波斯王允许波斯教会继续发展。波斯教会和罗马帝国以外的其他教会都未被邀请参加第一、二次大公公会，所以波斯教会分别在主后410年、420年和430年单独举行会议，讨论和罗马教会面临的同样的问题，接受了第一、二次大公公会的信经和准则。
第三次大公会议，波斯教会分离后向东方宣教，将福音传到中国（主后431年）
主后431年的以弗所大公会议上，君士坦丁堡主教聂斯脱里反对把马利亚当作上帝之母来敬拜，被逐出教会和罗马帝国。许多被迫害的聂斯脱里支持者逃离罗马帝国，被罗马帝国的东方对手波斯帝国萨珊王朝收容，使波斯教会快速增长。主后498年，波斯教会正式脱离罗马帝国的教会，称为东方亚述教会（The Holy Apostolic Catholic Assyrian Church of the East），其中包括大量亚述人信徒，也被称为东方教会、迦勒底教会。
由于罗马帝国迫害聂斯脱里派，所以波斯帝国就不再逼迫教会，反而善待教会，东方亚述教会以波斯为基地，迅速向西亚、中亚和东亚宣教，把圣经翻译为古叙利亚文、波斯文、阿拉伯文、格鲁吉亚文等当地语言，在9至14世纪的伊斯兰哈里发时代成为全世界宣教范围最广的教会。6世纪初传入北魏时期的洛阳，被称为大秦教或波斯经教，唐朝时被称为景教，其中四篇对主耶稣基督的叙利亚文赞美诗隐藏在道教经典《吕祖全书》之《救劫证道经咒》中存留至今。印度的东方亚述教会被称为圣多马教会。
聂里脱里晚年的著作于19世纪末在叙利亚被发现，证明他的基督论是正统的。1994年，天主教与东方亚述教会和解，接受其提出对于马利亚的称呼「基督之母 Mother of Christ」或「我们上帝救主基督之母 the Mother of Christ our God and Savior」。
西方教会将福音传到西欧，爱尔兰人基督化（主后432-462年）
主后432年，神兴起「爱尔兰使徒」帕特里克（Patrick）到罗马帝国之外的爱尔兰宣教，30年内使大多数爱尔兰人信主，建立了许多教会和修道院。这些修道院成为此后两百年里西方教会向欧洲宣教的主要基地。
罗马主教自称教宗（主后440年）
主后440年，罗马主教利奥一世提出教宗（Pope，即父亲）的理论，声称他是奉神委派为众监督的大主教，是全教会的主宰，拥有普世性教宗的特权。主后452年，利奥一世说服入侵的匈人首领阿提拉退兵，主后455年汪达尔人劫掠罗马城，利奥一世与其首领盖萨里克协商，将罗马城的伤害减到最小。因为这些功绩，他的教宗地位于主后455年获得西罗马皇帝的承认。
第四次大公会议，东方正统教会分离（主后451年）
主后451年的迦克墩大公会议巩固了罗马教宗的权威地位，但仍然宣布君士坦丁堡主教与罗马教宗地位相等。许多东方安提阿和亚历山大主教区的教会认为迦克墩会议的基督论将基督的神人二性过于分割，只承认前三次大公会议的教义，他们自称东方正统教会（Oriental Orthodoxy），包括今天的亚美尼亚宗徒教会（Armenian Apostolic Church）、叙利亚安提阿正统教会（Syriac Orthodox Church of Antioch ）、科普特亚历山大正统教会（Coptic Orthodox Church of Alexandria）、埃塞俄比亚正统台瓦西多教会（Ethiopian Orthodox Tewahedo Church）、印度玛兰卡正统叙利亚教会（Indian Malankara Orthodox Syrian Church）等等。他们把圣经译为亚美尼亚文、埃及科普特文等，以当地语言宣教。
西罗马帝国灭亡，法兰克人基督化（主后476至590年）
主后376年，匈人从中亚侵入欧洲，日耳曼人中的哥特族被匈人驱赶，向西越过多瑙河侵入罗马帝国。主后410年西哥特人攻入罗马城，主后455年汪达尔人再次劫掠罗马城，日耳曼蛮族陆续攻陷了罗马帝国西部各省和北非。西罗马帝国亡于476年，但罗马教会不但没有灭亡，反而向早已接受亚流派信仰的日耳曼蛮族宣教，把他们改为三位一体的正统信仰。
主后496年，日耳曼蛮族中的法兰克人全部信主。法兰克王国后来成为西欧蛮族诸国中最强大的国家，其后代成为现代西欧的雏形。
格里高列一世使罗马教会政教合一，成为天主教（主后590年）
西罗马帝国灭亡后，罗马城在东哥特人的统治下。主后554年，东罗马皇帝查士丁尼一世收复罗马城，但东罗马帝国日益衰落，主后568年，伦巴第人又入侵意大利北部。主后590年，格里高列一世担任罗马教宗。主后593年伦巴第人侵犯罗马城，东罗马帝国忙于和波斯对抗，无暇西顾。最终经格里高列一世的周旋，保住了罗马城，教宗的威信大增。主后595年，格里高列一世兼任罗马行政长官，对意大利中部、西西里、撒丁尼亚、科西嘉和北非某些地区进行政教合一的统治，把前西罗马帝国皇室在西西里和意大利卡拉布利亚的地产收为教会资产，广建修道院，又允许修士从事各种商贸经济活动，使教会资产不断增长。格里高列一世同时与西欧最强盛的蛮族国家法兰克王国合作，大力向蛮族宣教。从此罗马教会的势力得到了空前的发展，成为西方教会的领袖和独立的政治力量。相比于东罗马帝国的教会完全依附于皇帝，罗马教宗的任命只是形式上需要东罗马皇帝的批准。
格里高利一世宣称罗马主教之位来自使徒彼得一脉相传，故罗马主教应当成为普世教会之首，所以「教宗」的称号只能属于罗马主教，其他主教不得再称「教宗」，但东罗马帝国的君士坦丁堡主教并不同意。历史学家把主后590年视为天主教的正式开始，也把教宗称为教皇，因为教宗的地位已经与皇帝的地位相当，中世纪教皇制的权威自此开始。当时罗马帝国的教会都被称为大公教会（Catholic Church），以罗马教宗为领袖的西方教会被称为罗马大公教会（Roman Catholic Church），中文译名天主教。
东罗马帝国希腊化，东西方教会渐行渐远（主后620年）
西罗马帝国灭亡后，罗马皇权统一归于东罗马皇帝，在东部省份又持续了1000年，直到1453年奥斯曼帝国攻陷君士坦丁堡才宣告灭亡。罗马帝国本来是拉丁文化和希腊文化并存，但西罗马帝国灭亡后，西方的拉丁民族与日耳曼人通婚，东方的希腊民族与斯拉夫人、亚美尼亚人通婚，东罗马帝国逐渐变成以希腊文化为基础。主后620年，东罗马帝国用希腊语代替拉丁语作为官方语言。阿拉伯帝国崛起后又发生穆斯林征服，东西方教会的交流逐渐减少，渐行渐远。
阿拉伯帝国崛起，扫除了罗马教宗的主要竞争对手，却保存了犹太人（主后610-732年）
从6世纪后半叶开始，由于东罗马帝国和波斯帝国之间的连年战争，商人们改走更为安全的通过阿拉伯半岛的陆路，商业城市麦加因此繁荣起来。穆罕默德从主后610年开始在麦加传播伊斯兰教，20年内把阿拉伯半岛各部落统一成一个穆斯林国家。他的继承者哈里发们发动了对东罗马帝国和波斯帝国的战争，主后638年占领耶路撒冷，主后651年灭亡波斯萨珊王朝，接着占领北非，甚至攻入西欧的伊比利亚半岛和法兰克王国，直到主后732年普瓦提埃战役后才停止进攻。迅速崛起的阿拉伯帝国成为东罗马帝国和西欧基督教世界的共同威胁，中东、北非、西亚和南亚都被伊斯兰化，当时基督教世界的三分之二被穆斯林占领。罗马主教的竞争对手安提阿、耶路撒冷、亚历山大和迦太基主教都不复存在，仅剩君士坦丁堡主教。
在穆斯林统治下的伊比利亚半岛，犹太人却享有充分的自由，在科学、哲学、文学、经济等方面都取得了很大的成就，这一时期被称为「犹太文化黄金时代」。到12世纪，全世界90%的犹太人都住在西班牙和葡萄牙，直到1492年天主教国王收复西班牙和葡萄牙以后，才被全部驱逐。
罗马教宗与法兰克人结盟，建立教宗国（主后751-756年）
主后751年，伦巴第人把东罗马帝国势力逐出意大利，罗马教宗转向法兰克人求救，与法兰克结盟。法兰克权臣「矮子丕平」在教宗支持下夺得王位，被教宗加冕为法兰克王，开启教宗立王废王的先例。作为回报，丕平进入意大利打败伦巴第人。
主后756年，法兰克王丕平把罗马献给罗马教宗，赋予教宗对罗马和周边地区的世俗管辖权，建立了教宗国（State of the Church），罗马成为教宗国的首都，罗马教宗从隶属于东罗马帝国的教会领袖变成一个独立的世俗君主。
天主教伪造文件加强教宗权势，摆脱东罗马（主后7世纪-867年）
7世纪出现「君士坦丁御赐教产谕」（Donation of Constantine），叙述君士坦丁大帝因罗马教宗的祷告而麻疯病得愈，决定迁都至君士坦丁堡，不让属世政府妨碍教宗的属灵政体，并将罗马城、意大利和整个西罗马帝国的主权都送给教宗及其继承人。这份文件成为教宗权威的合法性基础，在罗马教宗与法兰克王丕平的交易中影响很大。
主后797年，东罗马帝国君士坦丁六世被废，其母自立为罗马女皇。主后800年圣诞节，罗马教宗将丕平之子查理曼加冕为神圣罗马帝国皇帝，目的是使罗马帝国的正统皇统从君士坦丁堡重新返回罗马城，从而摆脱东罗马皇帝。从此基督教世界出现两个并立的最高统治者，一个在君士坦丁堡，一个在罗马，互相指责对方僭越，宣布自己是唯一真正合法的基督教会的领袖。罗马教宗和君士坦丁堡大主教之间也不断有纷争。
主后847-852年出现「伊西多尔教令集」（Isidorian Decretals），宣称主教和教宗有权不受属世政府的辖管。该文件成为罗马教宗在六百年里与世俗政府争权的武器。
这两份文件使整个中世纪的西欧基督徒都深信罗马教宗的权威。但到1433年，Nicholas de Cusa指出「伊西多尔教令集」为赝品，1440年，Lorenzo Valla又证明「君士坦丁御赐教产喻」为赝品。今天，天主教学者和基督教学者都同意这两份文件是伪造的。
西欧基督化，天主教日耳曼化，信徒大都没有能力读经（主后9-14世纪）
虽然天主教并不完全，但神却不断兴起教会里忠心的仆人，持续不断地向日耳曼蛮族宣教，苏格兰人、英格兰人、德国人、荷兰人陆续归主。到查理曼大帝时代，西欧已经全部基督化，日耳曼信徒逐渐在西方教会占多数。教会的领袖从从说拉丁文的罗马人，逐渐变成了入侵的日耳曼人。日耳曼蛮族没有自己的文字，教会就将拉丁语、文学和文明传给了日耳曼人，拉丁语继续作为天主教的官方语言。
在中世纪初期，识字并不是日耳曼人日常生活的必要条件，只有教士或高级修士需要读书识字，英文Clerical既形容教士，也形容文职人员，「教士」就是「识字」的同义词。大部分西欧人都没有受过教育，连皇帝或贵族也多半是文盲，无法阅读拉丁文圣经。在没有印刷术的年代，手抄本圣经也非常昂贵。所以在宗教改革之前，中世纪的西欧普通基督徒大都无法阅读圣经，只能完全听信圣职人员对圣经与教义的解释。
相反，绝大多数居住在西欧的犹太人都能写能读，在金融业、行政和医生等行业发挥了较大的作用，往往受到地方诸侯或贵族的庇护，天主教学者甚至会与犹太教拉比讨论圣经。在天主教尚未形成严密组织的中世纪初期，西欧的犹太人并未受到严苛的对待，由于他们未成为封建制度中的一部分，反而避开了许多基督徒不得不承受的奴役或战争的磨难。
天主教从一开始就重视灵意解经，1259年神学家托马斯阿奎那进一步提出，每节圣经都有四重意义：字面的、灵意的、道德的、末世的。因此，天主教认为普通文盲信徒缺乏足够的词汇量来作精密复杂的思考，无法明白那些深奥的教义，只能背诵简单的祷文、十诫、信经等，必须由受过神学训练的圣职人员垄断圣经的阅读、解释和翻译，才能防止异端。天主教圣职人员成为西欧基督徒与神交通的唯一中介，中世纪更建立异教裁判所逼迫异端。
罗马教宗被政府控制，天主教陷入黑暗之中（885-1122年）
查理曼大帝死后，西欧遇到了新的异教徒蛮族入侵，东边有斯拉夫人和匈牙利人，北边有斯堪的纳维亚的维京人。西欧在混乱中兴起封建制度，不再有强大的中央政府，而是大小封建诸侯割据，主教和修道院院长因为有土地，也成为诸侯。诸侯之间互相争战，谁控制罗马，谁就换一位教宗。从主后891年到955年，更换了不下20位教宗。主后1045年，罗马竟然同时出现3个彼此对立的教宗，12岁的孩子也当上了教宗，甚至出卖教宗职位。
主后910年，从克吕尼修道院开始革新运动，唤起属灵觉醒。1049年，赞同革新的德国神圣罗马帝国皇帝任命新的罗马教宗开始改革天主教。罗马教宗脱离了意大利诸侯的控制，但又陷入德皇的控制。经过历任教宗和徳皇之间多年的互相争斗，最终于1122年休战。
西方教会向斯堪的纳维亚人宣教，北欧基督化（主后823-1291年）
虽然西欧人抵挡不住维京人的烧杀抢掠，但维京人却抵挡不住福音的大能。虽然天主教有许多的黑暗和失败，但神仍然在教会中不断得着忠心的仆人，从主后823年开始持续不断地向斯堪的纳维亚蛮族宣教，直到1291年芬兰主教被按立，整个北欧都基督化了。
东方教会向斯拉夫人宣教，东欧基督化（主后861-988年）
与此同时，东方教会也没有停止宣教。主后861年，君士坦丁堡教会派出西里尔兄弟向东欧国家的祖先斯拉夫人宣教，他们为当地人创造了西里尔字母，把圣经翻译成斯拉夫文，直到主后988年俄罗斯基辅大公信主，整个东欧都基督化了。东罗马帝国沦陷后，东方教会在俄罗斯继续发扬光大。
东西方教会大分裂和东正教的形成（1054年）
1053年，由于东罗马帝国皇帝、罗马教宗和君士坦丁堡大主教之间长期错综复杂的利益之争，君士坦丁堡大主教以圣经、教义和礼仪为由指责罗马教宗。1054年双方谈判失败，互相把对方逐出教会，史称东西教会大分裂。罗马帝国的大公教会（Catholic Church）从此分裂为罗马大公教会（天主教）和希腊正教会（东正教），东罗马帝国的教会以君士坦丁堡大主教为首，自称为正教会（Orthodox Church）或东正教会（Eastern Orthodox Church）。西方的教会则以罗马教宗为首，继续沿用大公教会的名称，被称为罗马大公教会（Roman Catholic Church）。
东西方教会分裂以后，双方继续有往来，直到1204年第四次十字军东征洗劫君士坦丁堡，双方之间才关上铁门。
十字军东征伤害了东方教会和犹太人，却使天主教的权势达到了顶峰（1096-1291年）
主后638年耶路撒冷被穆斯林占领后，基督徒可以继续生活并建造教堂。中世纪的西欧基督徒很少读圣经，却把圣地、圣徒及圣徒遗物当做崇拜的对象，到耶路撒冷朝圣，给穆斯林统治者提供财源。塞尔柱土耳其帝国崛起后，占领了东罗马帝国半壁江山，1073年占领耶路撒冷，他们伊斯兰信仰狂热，恶待朝圣者，激起西欧基督徒的众怒。
1095年，罗马教宗乌尔班二世响应东罗马帝国皇帝的求援，号召西欧基督徒前往东罗马帝国抵御塞尔柱土耳其人，从穆斯林手中拯救东部的基督徒、解放耶路撒冷和圣地，并应许所有参加圣战的人可以减少在炼狱中受苦的时间，圣战中丧生者可以得着永生。两百年内欧洲发起了8次十字军东征，参加者各有动机，良莠不齐，既收复了圣地、遏制了穆斯林，又劫掠了东罗马帝国、攻破了君士坦丁堡，更屠杀了许多穆斯林、犹太人和东方基督徒。
除了第一次十字军东征，其他7次大部分是以失败告终，却改变了西欧政治版图，导致大量农奴成为自由民，加速了西欧手工业和商业的发展，也使天主教的权势达到了顶峰。西欧的国王和皇帝们若不屈服于教宗，教宗就革除其教籍，他下面的贵族就不再臣服，结果大部份君王都成为罗马教会的封侯。
十字军东征也带回了东罗马帝国、穆斯林国家的文明和财富，包括许多在东方保存的古典希腊及罗马著作。十字军东征带动了东西方之间的贸易，变得富有的商人开始赞助画家和建筑家，建筑了许多宏伟的教堂，发展了西欧的绘画和建筑艺术，也兴起许多大学，教授神学与哲学混合的「经院哲学」(Scholasticism)，最终引发了西欧的文艺复兴和宗教改革。
强势的天主教开始迫害犹太人（1290-1394年）
十字军东征期间，犹太人被限制从事大多数经济活动，只被允许从事货币借贷和其他贸易行业。十字军东征以后，天主教的权势到达顶峰，西欧的封建制度崩溃，居住在城市里的中产阶级崛起，与居住在城市里的犹太人冲突增多。天主教圣职人员在基督受难剧中大肆宣扬犹太人杀害耶稣的情节，谴责高利贷，鼓动普通市民仇视或杀害犹太人。从1290年开始，犹太人陆续被驱逐出英格兰、法国、神圣罗马帝国，迁移到天主教控制较弱的荷兰、东正教国家波兰和穆斯林统治的西班牙、葡萄牙。14世纪中叶黑死病夺走了当时欧洲一半以上人口后，犹太人又被当做了替罪羊。
罗马教宗权势盛极而衰 ，天主教大分裂（1294-1417年）
1294年，史上最傲慢的波尼法修八世担任罗马教宗，与法王发生冲突，革除了法王腓力的教籍。由于十字军东征使西欧的封建制度崩溃，可以与国王对抗的贵族或战死或衰微，民族意识增强，所以法国百姓反而团结起来支持法王，教宗「革除教籍」的武器不再有效。老迈的教宗被法王的士兵拳打脚踢以后，不久便去世。
1309-1376年，教宗宝座从罗马被迁到靠近法国的亚威农（Avignon），所有的教宗都是法国人，听命于法王约70年，在历史上被称为「教宗巴比伦被掳时期」。这时期的教宗过着奢靡腐败的生活，出卖主教职位及赎罪券，向信徒抽取重税。教宗失去了各国人民的尊重，许多人甚至称教宗为「敌基督」。1378年，意大利与法国断绝关系，双方各选出一位教宗，一位在罗马，一位在亚威农。1378-1417年被称为「大分裂」时期，两位教宗彼此咒诅，彼此开除对方教籍，教宗的尊严从此再也无法完全恢复。
神在天主教内部不断兴起忠心的仆人，要把教会带回圣经（1176-1517年）
中世纪天主教陷入黑暗和腐败以后，神在教会内部的做工并没有停止。越来越多的有能力阅读圣经的人痛感需要回归圣经，改变教会的腐败，出现了许多敬虔的信仰团体。有的团体在天主教内部改革，其中最重要的是方济会(the Franciscans)和道明会(the Dominicans)。有的团体与天主教决裂，其中瓦勒度派存留至今。
1176年开始的瓦勒度派（The Waldenses）把大部份新约都背下来，到处传道，不信炼狱，也不接受为死人祷告和弥撒，相信在家中祷告和在教堂里祷告一样有效，主张普通信徒也可以讲道，圣职人员的言论并非完全无误等等。瓦勒度派在天主教的逼迫中存留下来，最后融入改教运动。
1346年欧洲爆发黑死病，5年内导致欧洲30-60%人口死亡，极大地改变了欧洲的社会结构。在黑死病期间，天主教所有的应对措施都失败了，圣职人员的死亡率甚至高于民众的死亡率，教宗自己都独自在房间里躲避黑死病。信徒们开始质疑罗马教宗并非是上帝的代言人，并尝试绕过圣职人员的中介，回到圣经，直接与神建立沟通，许多地方都开始用当地语言建立民族教会。
1376年，英国牛津大学教授、神学家威克里夫（John Wycliffe）开始批评圣职人员，认为政治与财富已经腐化了教会，教会必须回到使徒时代的贫穷与单纯。他宣称罗马教宗为「敌基督」，「只有圣经是信仰的根据，教会不是信仰的准则」。1384年威克里夫将圣经从拉丁文译成英文，使英国的普通信徒也能自己阅读圣经，明白神的旨意，不需要罗马教宗及圣职人员插手其中。但由于当时圣经只能靠手抄写，所以这部圣经的影响有限。跟从他的人后来被称为罗拉得派（Lollards），受到天主教的逼迫。
波希米亚布拉格大学校长、神学家胡司（John Huss）接受威克里夫的主张，谴责圣职人员的腐败和赎罪券。他认为教会包括所有预定得救的人，但教会里的人不一定真正属于教会。他宣称普世教会唯独基督是头，罗马教宗和红衣主教不是教会组织的必要人物。瓦勒度派在波希米亚特别昌盛，胡司获得波希米亚民众和贵族们的支持。1415年，罗马教宗烧死胡司，并将威克里夫掘尸焚烧，组织十字军征伐跟从胡司的波希米亚，直到1436年才恢复和平。胡司创立的波西米亚弟兄会或弟兄合一会（Unitas Fratrum）被认为是第一个新教教会。
1350年，荷兰及德国兴起共同生活弟兄派（Brethren of the Common Life），强调通过教育带起全教会的改革。其中德国耳弗特（Erfurt）大学韦索的约翰于1445-1456年间批评赎罪券，教导「因信称义］、「惟独因信得救」的真理。49年后在耳弗特大学毕业的马丁路德说：「如果我曾读过韦索约翰的著作，则我的观点，看起来真像全部抄自他的著作。」
文艺复兴和东罗马帝国的灭亡，为宗教改革作好了预备（1291-1453年）
西罗马帝国灭亡后，日耳曼蛮族占领西欧，西欧的古希腊罗马文化几乎被践踏殆尽。主后476-1453年的一千年中世纪时期，古希腊罗马文化在东罗马帝国得以保存，西欧却笼罩在无知和野蛮的黑暗之中。十字军东征以后，西欧的封建制度瓦解，商业贸易发展，兴起许多城市，城市里的有钱人支持有闲的学者，逐渐复兴了十字军东征所带回的古希腊罗马异教文化和信仰。
意大利文艺复兴的早期人物都高举反对中世纪禁欲主义、寻求知识和自由的大旗，以不敬虔、不道德著称。这时期的罗马教宗们对异教文明的复兴比信仰更热衷，他们对信徒征收苛捐杂税，出钱支持学者、作家、画家及建筑师，满足自己对文学、艺术和奢华建筑的爱好，引起各国对教会与教宗制度的不满。罗马教会的腐败在文艺复兴期间到达了顶峰，教宗和主教们都热衷于发行各种赎罪券，以支付他们在文艺复兴时期的浩大工程、奢华生活和职位买卖。
但文艺复兴传到阿尔卑斯山以北以后，北方的文艺复兴却转入宗教敬虔的目的。人们开始研究圣经的原文：希伯来文与希腊文。1450年，德国的约翰内斯·古腾堡（Johannes Gutenberg）发明了活字印刷术，初期教会教父们的著作得以用便宜的印刷方式出版，这些资料给圣经的研读带来更多的亮光。文艺复兴期间对这些资料的学术研究，对改教运动领袖们有极重大的影响，使他们看清自己所处的教会已经与初期教会大相迳庭，教会各种传统的宗教仪文、习惯礼仪，都是初期教会的使徒和教父们所没有教导的。
1453年5月29日，君士坦丁堡被奥斯曼土耳其帝国攻陷，东罗马帝国灭亡，宏伟的圣苏菲亚教堂变成清真寺，教堂顶十字架被半月标志取代，整个欧洲基督教世界为之震惊。虽然奥斯曼帝国允许境内的东正教会继续存在，但关闭了东罗马帝国的高等学府，大批希腊语学者被迫流亡意大利及西欧，同时也将更多的古典希腊语手稿和古希腊语文学造诣带到了西欧，更带来了希腊文原文圣经。
1455年，古腾堡出版了第一本用活字印刷的拉丁文圣经，成本比手抄本大大降低，不久圣经就成为最畅销的书。
1516年，荷兰的伊拉斯谟（Erasmus）出版了《新约圣经》的 Textus Receptus 希腊文原文印刷版，马丁路德研究了这个版本以后，才认识到圣经原文讲的是「因信称义」，而不是拉丁文武加大译本的「因信成义」。这对他触动极大，最终导致了1517年天主教世界的宗教改革。其他神学家也第一次有机会将拉丁文圣经与希腊文新约互作比较，发现武加大译本在部分新约经文上有严重的误译，从而动摇了建立在这些误译基础上的许多中世纪天主教的习俗和信念。此圣经后来被马丁路德译为德文，成为宗教改革时期新教世界的第一本圣经。
另一方面，虽然东罗马帝国灭亡了，但东正教会却保留下来。莫斯科公国取代了东罗马帝国成为新的东正教会中心，俄罗斯也成为最大的东正教国家。从那时至今，东正教在信仰、礼仪上基本上都没有太大变化。俄国沙皇自称是东罗马帝国的继后者，俄罗斯东正教也延续了罗马帝国政教合一的传统，国家元首兼任教会的最高领袖。今天东正教主要分布在俄罗斯、东欧、巴尔干半岛和西亚，由十五个「自主教会 Autocephaly churches」及下属的「自治教会 Autonomous churches」组成。每个「自主教会」在管理上彼此独立，但承认君士坦丁堡牧首为普世大牧首（Ecumenical Patriarch）。但东正教认为圣灵是神在地上的代表，所以不需要像天主教一样的教宗，普世大牧首只是东正教的大公会议主席和发言人，并无凌驾于其他牧首或自主教会之上的权威。
天主教收复伊比利亚半岛，把犹太人赶往荷兰和东欧（1492年）
天主教国王把穆斯林政权赶出伊比利亚半岛以后，1492年西班牙驱逐犹太人，1497年葡萄牙驱逐犹太人，犹太人逃往天主教控制力度不足的荷兰和东正教国家波兰。16至17世纪，西欧各国的犹太人普遍严重受到迫害，被迫聚居在「隔都」之中。1764年，全世界约有62%的犹太人居住在波兰、立陶宛境内，到20世纪初，绝大多数犹太人都生活在俄国西部及相邻的波兰、立陶宛、白俄罗斯等国境内。
在西班牙国王驱逐犹太人的同时，也派哥伦布出发探险，结果发现了美洲新大陆。今天，世界上犹太人口最多的地方就是北美，神一直用各种方法奇妙地在保存以色列选民。
宗教改革时机成熟，神带领新教离开天主教，回归圣经（1517年至今）
自从主后380年教会国教化以后，一般人逐渐把教会看成是一个圣品人员的阶级组织，从驻堂神甫到主教，到红衣主教，再到教皇，层层相属。而天主教圣品阶级则进一步自认是神和人的中介，不但统治整个教会组织，也要替神统治整个世界。因此，圣品阶级假定自己有权更改或创立新的教义。于是产生了许多圣经中找不到的教导，这些教导只是根据所谓的「神圣传统」及罗马教宗所宣布的信条，包括化质说、赎罪券、教宗是使徒彼得直接继承人等等。
当时只有受过教育的少数神职人员能读懂教会使用的拉丁文圣经，普通信徒对圣经非常无知，对圣经的了解仅限于教会仪式中诵读的片段。马丁路德在20岁的时候还没有见过圣经，而门诺被任命为天主教神父两年以后才开熟悉圣经的某些经文，许多神职人员甚至不读圣经。
14、15世纪黑死病的蔓延和天主教大分裂，动摇了人们对天主教圣品阶级和罗马教宗的迷信，经院哲学也崩溃了。文艺复兴时期，人们研读初期教父耶柔米、居普良、俄利根、亚他那修、奥古斯丁的著作，才发现早期教父根本没有这些圣经之外的教导。而研究圣经原文的结果，更发现许多天主教所宣布的基要真理，竟然与圣经本身完全抵触。
于是许多人心中产生强烈的怀疑，不受天主教管辖的大学的学者们更是经常表达与天主教不同的看法。但这些异议都要冒相当大的危险，因为天主教有杀戮异议分子的权力和传统。直到1517年10月31日万圣节，由世俗贵族管理的德国威登堡大学的神学教授马丁路德发表了九十五条反对出售赎罪卷的理由。因着印刷术的发明，这九十五条以拉丁文写成的条文立刻被译成各种语言，四个星期内传遍全西欧，以致赎罪券的出售几乎停止。
当时西欧识字的人已经大大增加，圣经也大量印刷发行，占城市三分之一人口的的城市中产阶级都能阅读圣经，因此这一事件引起了广泛的争论，引爆了西欧的宗教改革（Protestant Reformation），传扬「因信得救」的福音。宗教改革遭到天主教会和神圣罗马帝国的逼迫，但神再次奇妙地使用奥斯曼土耳其帝国，奥斯曼威胁成为宗教改革的外部助推器，最终确保马丁路德、加尔文、慈运理等改教领袖打破了天主教的信仰垄断局面，使教会回到使徒时代教会的单纯形态。信义宗、改革宗、浸礼宗、圣公会、循道宗等许多不接受天主教教义的教会出现了，他们被称为抗罗宗（Protestantism），又称为基督教、更正教。西欧、北欧、北美都成为新教国家，而意大利、西班牙、葡萄牙、法国和拉丁美洲则成为天主教国家。
没有某个新教教派或个人能垄断信仰，所有的教派都强调「唯独圣经」，即圣经是信仰唯一无误的准则。而天主教则相信除了圣经之外，教会的传统，即大公议会决的议或教宗发布的信条也是无误的。根据圣经，新教强调「因信称义」，救恩和永生都是神的恩典，天主教却认为人除信心外，亦必须加上善功才能得救；新教认为教会是信徒的集合，而天主教认为教会是「圣品人员的阶级组织」；新教强调「信徒皆祭司」，每个人都可以直接与神交通，而天主教传统认为只有圣职人员才是神和人之间的中介。
天主教为了对抗新教，接受次经为旧约正典（1546年）
次经（Deuterocanonicals或Apocrypha）又称旁经，指在拉丁文武加大译本旧约中收录的七卷书（多比传、犹滴传、马加比一书、马加比二书、所罗门智训、便西拉智训、巴录书），以及以斯帖记的1卷补篇（以斯帖补篇），但以理书的3卷补篇（三童歌，苏撒拿记，比勒与大龙）。
这几卷书的正典地位一直有争议，原因是：1、希伯来旧约并没有这几卷书，而是希腊文《七十士译本》在后期加进去的；2、犹太教于主后90年裁定次经并非正典，新约时代的犹太史学家约瑟夫和哲学家斐罗也不承认次经为旧约正典；3、次经中没有一处自称是出于神的默示，相反，有几卷书含有地理、历史和教义上的错误；4、次经从来没有被主耶稣或新约圣经引述过。以奥古斯丁为代表的早期教父们认为次经是圣经的一部分，以耶柔米为代表的早期教父们则认为次经在权威上不及希伯来文圣经，可以用来造就信徒，但不能作为信仰的依据。东正教承认次经为旧约正典，但不作为信仰依据，只作为教义参考。新教同意耶柔米的意见，把次经排除在旧约正典之外，不作为信仰的根据，但作为有益的属灵读物而尊重。
主后590年担任罗马教宗的格里高列一世已经宣布次经并非正典。但天主教与新教徒（Protestants）对抗的时候，为了辩护他们偏离圣经的错误教义，所以在1546年的天特会议上将次经纳入旧约正典，这样他们就可以继续教导为死人祷告（马加比二书12:44）、向圣徒祈祷(马加比二书15:14;巴录书3:4）、敬拜天使（多比传12:12）、炼狱（马加比二书12:42,46）等等。1564年教宗庇护四世宣布拉丁文武加大译本为天主教会法定圣经，次经为旧约正典，是天主教信仰的依据。
而伪经（Pseudepigrapha）则是一些从主前200年到主后200年犹太著作的通称，其中一些著作是冒亚当、以诺、摩西和以斯拉等人之名写的。新约犹大书曾引用伪经以诺书和摩西升天记，因为伪经也反应了一定的历史背景，具有重要的史料价值。但伪经中有许多真理上的谬误，从未被教会承认为正典，不是信仰的依据。
中文版圣经的选择
1907年，中文和合本（Chinese Union Version，CUV）新约圣经出版，1919年4月22日，和合本旧约圣经出版，从此成为华人教会的权威译本。和合本圣经忠于原文，旧约译自 Masoretic Text 马所拉希伯来文本，新约大部分译自当时最新的 Westcott and Hort 希腊文底本，少部分译自 Textus Receptus 底本。因此，和合本圣经并非译自英文，与英文圣经只有翻译风格的不同，并无权威性的区别。
1988年，联合圣经公会出版了《新标点和合本》（CUVNP，1988年），主要修订主要包括：使用通用标点符号，按诗体排印原文为诗的经文，按现代用法区别使用第三人称代词，将现在通用的字代替某些不再使用的字，又修改部分人名译法，有的地名采现代译名。
其他常见的中文版本还包括：吕振中译本（1970年）、现代标点和合本（CUVMP，1989年）、现代中文译本（TCV，1997年）、当代圣经译本 (TLB，1974年) 、和合本修订版（RCUV，2010年）、新汉语译本（CCV，2010年）、中文标准译本（CSB，2011年）、新普及译本（CNLT，2012年）、环球新译本（CNV，2013年），当代译本（CCB，2016年）、NET中译本（CNET，2016年）等等，各有优劣长短，但都还不能取代和合本在华人教会中的权威地位。比如：
吕振中译本忠于原文，但缺乏文采。
现代中文译本、当代圣经译本、新普及译本都以意译为主，其中现代中文译本的罗8:3还影响了教义。
圣经新世界译本（NWT，耶和华见证人）在真理上存在严重问题。
英文版圣经的选择
许多人觉得和合本圣经比较难懂，英文版比较通俗。但实际上，一些「通俗」的英文版加了许多意译的成分，并没有完全忠实于原文。另有一些译本容易引起信仰上的误导，比如：
NRSV（New Revised Standard Version）基于自由派信仰立场，当存在翻译选项时，选择了偏自由派的翻译，如：把创一2的「the Spirit of God 神的灵」译成「a wind from God 从神而来的风」。
NWT（New World Translation）基于耶和华见证人反对三位一体的信仰立场，把创一2的「the Spirit of God 神的灵」译成「God’s active force 神的行动能力」，把约一1的「 the Word was God 道就是神」译成「the Word was a god 道是一个神」。
2011年版NIV（New International Version）使用了「性别包容」的语言，用children代替了sons，失去了有继承权的「后裔」的含义。
另外，对于「挽回祭 propitiation」（罗三25；来二17；约壹二2；四10）一词的翻译，也是检验英译本信仰立场的一个标志。
不同英译本的质量，还与其所根据的旧约希伯来文和新约希腊文底本有关。大部分英译本的旧约部分都是根据马所拉文本（Masoretic Text），2011版NIV还参考了死海古卷。而新约部分所根据的希腊文底本有三大类：
接受本（Textus Receptus, TR）：由16世纪初荷兰伊拉斯谟根据6个11世纪以后的晚期希腊文抄本整理而成的。当时资料有限，所以质量相对比较低，包括了一些抄经者的添加和解释。虽然这些添加和解释在神学上都没有问题，但在学术上不够严谨。如：根据上下文，许多「他」被替换成基督，「灵」被补充为「圣灵」；可十六9-20和约八1-11在许多古抄本中也不存在；KJV和NKJV中的约壹五7在晚期抄本中才出现。
批评本（Critical Text, CT）：是根据约5000个希腊文抄本整理而成的，包括2-5世纪的早期抄本，根据越短越古的原则进行选择，最接近神所默示的新约原本。
多数本（Majority Text, MT）：根据批评本的同样希腊文抄本，但根据越长越好的原则进行选择，因此接近晚期抄本，同样包括了一些抄经者的添加和解释。
值得推荐的英译文如下：
ESV（English Standard Version）出版于2001年，最后修订于2016年。该译本源于RSV，基本上是直译，在忠于原文的同时，还充分表现了圣经作者的风格变化，新约部分根据质量较高的 Novum Testamentum Graece 希腊文底本。
NASB（New American Standard Version）出版于1971年，最后修订于1995年。该译本源于ASV，忠实于原文，新约部分根据质量较高的 Novum Testamentum Graece 希腊文底本。由于这个译本非常忠实于原文，所以有些用词可能比较深。
KJV（King James Version）出版于1611年，是最好的古英语译本。但有800多个词的意义已经有变化，新约部分根据质量较差的 Textus Receptus 希腊文底本。
NKJV（New King James Version）出版于1982年，是KJV的现代版，忠实于原文。新约部分根据质量较差的 Textus Receptus 希腊文底本，但在Textus Receptus 与 Majority Text 有差异的地方都加了注释。
NIV（New International Version）出版于1984年，修订于2011年，非常通俗，融合了直译与意译，新约部分根据质量较高的 Novum Testamentum Graece 希腊文底本。但也正因为它的意译成分，并不适合作研经的根据；另外，2011年新版使用了「性别包容」的语言，对教义有影响。
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